In tegenstelling tot de meeste Belgische organisaties waar de verschillende culturen gescheiden zijn, verenigd de BEZ de diverse regio’s van België in één organisatie. Alle werkers van de BEZ vormen met elkaar de algemene vergadering en ontmoeten elkaar regelmatig in regionale groepen. Elke regiogroep heeft een vertegenwoordiger hetzij bij de Vlaamse Raad, hetzij bij de Franse Raad, die de regionale bedieningen beheren. Deze raden worden geleid door de Vlaamse en Franstalige directeurs. De Nationale Raad bepaalt de korte- en lange-termijn visie terwijl de Directie Raad waakt over de dagelijkse gang van zaken van de zending.